تغییرات توالی miRNA ویروس هرپس سیمپلکس تیپ 1 در گره غده عصبی
نکات برجسته
• ما عقده سه قلو انسانی آلوده به HSV-1 را تجزیه و تحلیل کردیم
• تنها یک زیرمجموعه کوچک از miRNAs HSV-1 در TGهای انسانی آلوده به صورت نهفته، بیان می شود
• ما توالیmiRNAs HSV-1 را تجدید نظر کردیم
• HSV-1 مقدار زیادی از isomiRها را بیان می کند
• هیچ شواهدی برای miRNAs ویروس واریسلا زوستر وجود ندارد
چکیده
ویروس هرپس سیمپلکس تیپ 1 (HSV-1)، miRNAهای متعددی را بیان می کند، که عملکرد آن به خوبی شناخته نشده است. چندین تجزیه و تحلیل کیفی و کمی از miRNAهای HSV-1 بر روی سلولهای آلوده در مدلهای کشت و حیوانات انجام شده، با اینحال، دانش بسیار محدودی از بیان آنها در نمونه های انسانی، وجود دارد. ما کتابخانه RNA را از RNA کوچک مشتق شده از عقده های سه قلو انسانی که به طور نهفته با ویروس HSV-1 و ویروس واریسلا زوستر (VZV) آلوده شدند، توالی بندی کرده و تنها تعداد کمی از زیرواحد miRNA HSV-1 را تشخیص دادیم. بیشترین فراوانی miRNAs بیان شده miR-H2، miRNA است که بیان ژن فوری اولیه ICP0 و miR-H3 و -H4 را تنظیم می کند و هر دو miRNAs بیانگر آنتی سنس (غیرکدکنندگی) برای کدگذاری رونویسی عامل اصلی شیوع عصبی ویروس ICP34.5 است. توالی بسیاری از miRNA های HSV-1 که در نمونه های انسانی شناسایی شده، متفاوت از توالیهای ذخیره شده در miRBase است که ممکن است به طور قابل توجهی بر تجزیه و تحلیل عملکردی هدفمند، تأثیر بگذارد.
تحقیقاتmiRNAs HSV-1، از راه آزمایش به علت دلایل متعددی، به چالش کشیده شده است. ابتدا، نمونه های مربوط به انسانی برای به دست آوردن، مشکلاتی دارد و نهفتگی، که در تعداد کمی از سلولهای نمونه کل، شکل میگیرد. مدل های حیوانی، جایگزین خوبی هستند با این حال، ما مشاهده کرده ایم که الگوی بیان miRNA HSV-1 به طور کامل با تجزیه و تحلیل انسانی، مطابقت ندارد. برای مثال، miRH6، که بارها در نورون های نهفته در موش یافت می شود (Du و همکاران، 2011؛ Jurak و همکاران، 2010؛ Kramer و همکاران، 2011)، اما در نمونه های انسانی به سختی قابل تشخیص است ((Umbach و همکاران 2009) و این مطالعه)، ممکن است فقط یک یادآوری عفونت مولد یا فعال سازی مجدد در گانگلیا، باشد؛ یعنی، آن ممکن است یک miRNA با نقش عفونت مولد مانند miR-H1 را نشان دهد. از سوی دیگر، مدلهای نهفته آزمایشگاهی، مشکلاتی برای استقرار دارند و هنوز به خوبی، مشخص نیستند. در نتیجه، مطالعه محدود ما نشان می دهد miRNAs در میان سویه های HSV-1، محافظت می شود، با این وجود تحقیقات اساسی بیشتری، به ویژه برای تجزیه و تحلیل تطبیقی نمونه های بالینی، برای درک کامل مبانی بیانmiRNA HSV-1 لازم است.
Highlights
• We analyzed human trigeminal ganglia infected with HSV-1.
• Only a small subset of HSV-1 miRNAs is expressed in latently infected human TGs.
• We revised the sequences of HSV-1 miRNAs.
• HSV-1 expresses a high proportion of isomiRs.
• No evidence for Varicella Zoster Virus miRNAs.
Abstract
Human herpes simplex virus 1 (HSV-1) expresses numerous miRNAs, the function of which is not well understood. Several qualitative and quantitative analyses of HSV-1 miRNAs have been performed on infected cells in culture and animal models, however, there is very limited knowledge of their expression in human samples. We sequenced small-RNA libraries of RNA derived from human trigeminal ganglia latently infected with HSV-1 and Varicella zoster virus (VZV) and detected only a small subset of HSV-1 miRNA. The most abundantly expressed miRNAs are miR-H2, miRNA that regulates the expression of immediate early gene ICP0, and miR-H3 and –H4, both miRNAs expressed antisense to the transcript encoding the major neurovirulence factor ICP34.5. The sequence of many HSV-1 miRNAs detected in human samples was different from the sequences deposited in miRBase, which might significantly affect targeted functional analyses.
Investigating HSV-1 miRNAs is experimentally very challenging due to several reasons. First, relevant human samples are difficult to obtain, and latency is established in only a small number of cells of the entire sample. Animal models are well-accepted alternative; however, we have observed that the pattern of HSV-1 miRNA expression does not entirely match the human analysis. For example, miRH6, which was repeatedly found in latent neurons in mice (Du et al., 2011; Jurak et al., 2010; Kramer et al., 2011), but barely detectable in human samples ((Umbach et al., 2009) and this study) might represent only a reminiscent of the productive infection or reactivation in ganglia; i.e. it might represent a miRNA with roles in productive infection like miR-H1. On the other hand, in vitro latency models are difficult to establish and not well characterized yet. In conclusion, our limited study indicates that miRNAs are conserved among HSV-1 strains, however more basic investigations are needed, particularly comparative analysis of clinical samples, to completely understand the fundamentals of HSV-1 miRNA expression.
(جهت بزرگ نمایی روی عکس کلیک نمایید)
نکات برجسته
چکیده
1. مقدمه
2. نتایج و بحث
Highlights
Abstract
1. Introduction
2. Results and discussion
- اصل مقاله انگلیسی با فرمت ورد (word) با قابلیت ویرایش
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت ورد (word) با قابلیت ویرایش، بدون آرم سایت ای ترجمه
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت pdf، بدون آرم سایت ای ترجمه