آنالیز فیلوژنتیک مولکولی ارقام زیتون Olea europaea L. subsp. europaea در منطقه مرمره ترکیه
چکیده
نشانگرهای DNA مبتنی بر تکنیک های PCR در حال حاضر در طول دو دهه گذشته به طور گسترده استفاده شده اند. به صورت تکثیر تصادفی چند شکلی DNA ( RAPD) یکی از این تکنیک های به کار برده شده برای تعیین پلی مورفیسم است. در این مطالعه، تجزیه و تحلیل مولکولی با استفاده از نشانگرهای DNA برای برخی از رقم های زیتون (Olea europaea) در منطقه مرمره ترکیه انجام شده است. هدف ما تعیین روابط ژنتیکی بین 12 رقم زیتون و برون گروه 'Delice' بود. هفت آغازگر RAPD از 60 تا (با طول 10 جفت باز)، باعث تکثیر gDNAs با باندهای تکراری شد. این آغازگرها 84 باند I تولید کردند که 39 تا از آن ها چند شکل بودند. پس از تجزیه و تحلیل Branch-and-Bound و تجزیه و تحلیل Neighbour Joining (NJ) از طریق نرم افزار PAUP*، کوچکترین فاصله ژنتیکی بین ارقام Gordales و Karamursel Su به میزان 03571/0 مشاهده شد، در حالی که بیشترین فاصله بین ارقام Arbequina و Ascolana، Manzanilla، Hermandos، Gemlik، Verdial و Vegral به میزان 17857/0 مشاهده شد. تجزیه و تحلیل حداکثر تطابق ( MP) با 65 مرحله به 8 درخت parsimonious مساوی رسید. به جای آن در روش تجزیه و تحلیل NJ یک درخت عمدتا متناسب با درخت شماره یک MP تولید شد. به طور کلی، به نظر می رسد که بر اساس داده های RAPD، ارقام زیتون ترکیه کشت شده در منطقه مرمره خواهر ارقام زیتون اسپانیایی هستند.
مقدمه
زیتون، Olea europaea (Oleaceae) یک گونه درختی مهم است که به عنوان منبع غذایی به دلیل روغن، میوه، گل، برگ و چوب با ارزش آن در جهان، به ویژه در منطقه ی circum-Mediterranean اغلب استفاده می شود (Efe et al. 2011). تنوع ژنتیکی گسترده زیتون در منطقه مدیترانه با حدود 2000 رقم مشاهده می-شود (Albertini et al. 2011). روغن زیتون در گذشته یکی از اقلام مهم محدود به حوزه مدیترانه بوده، اما امروزه با توجه به خواص مهم اقتصادی آن از جمله استفاده از آن به عنوان یک منبع غذایی، سوخت برای روشنایی و همچنین به عنوان یک پماد، یک محصول گسترش یافته در جهان است (Sanchez & Spener 2002). منبع اصلی روغن رژیم غذایی در مدیترانه، روغن زیتون است که به دلیل مواد مغذی سودمند آن برای سلامتی مانند اسیدهای چرب غیر اشباع، مقدار زیاد اولئات و لینولئات، ویتامین ها، مواد معدنی، فیبرهای غذایی، کربوهیدرات ها و عناصر کمیاب، اثرات مطلوب و مساعدی بر سلامت انسان دارد (Harwood & Yaqoob 2002; Wahrburg et al. 2002).
ABSTRACT
DNA markers based on the PCR techniques are being broadly utilized during the past two decades. Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) is one of these techniques employed for determining the polymorphisms. In this study, we performed a molecular analysis using DNA markers for some olive (Olea europaea) cultivars grown in the Marmara Region of Turkey. Our goal was to determine the genetic relationships between 12 olive cultivars and ‘Delice’, the outgroup. Seven RAPD primers out of 60 (10 base-pair long) amplified gDNAs with repeatable bands. These primers generated 84 characters / bands in total and 39 out of these were polymorphic. After a Branch-and-Bound analysis and a Neighbour Joining (NJ) analysis via PAUP* software, the smallest genetic distance was found between Gordales and Karamursel Su cultivars as 0.03571 whereas the greatest distances were found between Arbequina and Ascolana, Manzanilla, Hermandos, Gemlik, Verdial and Vegral cultivars as 0.17857, respectively. Maximum parsimony (MP) analysis yielded 8 equally most parsimonious trees with 65 steps. Alternatively, NJ analysis produced one tree mostly congruent with MP tree number one. In conclusion, Turkish olive cultivars grown in the Marmara Region appear to be sister to the Spanish olive cultivars based on the RAPD data.
INTRODUCTION
Olive, Olea europaea (Oleaceae) is an important tree species and one of the most frequently used food source for its valuable oil, fruits, flowers, leaves and wood in the world, especially in the circum-Mediterranean region (Efe et al. 2011). Wide genetic variations in olives occur in the Mediterranean region with about 2000 cultivars (Albertini et al. 2011). Olive oil was an important commodity in the past restricted to the Mediterranean basin but is a widespread product today in the world due to its economically important properties such as being a food source, fuel for lighting and also as an ointment (Sanchez & Spener 2002). The principle fat source of the Mediterranean diet is olive oil and it has favourable and desirable effects on human health due to its health-beneficial nutrients such as monounsaturated fatty acids, the high oleate and significant linoleate contents, vitamins, minerals, dietary fibers, complex carbohydrates and minor components (Harwood & Yaqoob 2002; Wahrburg et al. 2002).
چکیده
مقدمه
مواد و روش ها
ماده گیاهی
استخراج DNA و تکثیر PCR
تحلیل داده ها
نتایج و بحث
پروفایل های RAPD-DNA
تحلیل داده ها
ABSTRACT
INTRODUCTION
MATERIAL AND METHODS
PLANT MATERIAL
DNA ISOLATION AND PCR AMPLIFICATION
DATA ANALYSIS
RESULTS AND DISCUSSION
RAPD-DNA PROFILES
DATA ANALYSIS
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت ورد (word) با قابلیت ویرایش، بدون آرم سایت ای ترجمه
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت pdf، بدون آرم سایت ای ترجمه