ردیابی شکارگری با استفاده از qPCR
چکیده
با استفاده از PCR کمی تکثیرکننده ی یک امپلیکون 214 جفت بازی mtDNA اختصاصی شکار از ژن میتوکندریایی COi سوسک کلرادو، Leptinotarsa decemlineata (Say) (Coleoptera: Chrysomelidae)، به منظور واضح کردن اثرات زمان و رژیم غذایی مصرف شده، تعداد تخم های شکار و روش-های تثبیت و حفظ نمونه بر مقدار DNA هدف شناسایی شده، از تخم های شکار با سن و تعداد مشخص برای تغذیه یک شکارگر عمومی Coleomegilla maculata (De Geer) (Coleoptera: Coccinellidae) استفاده شد. سیگنال، به طور مستقیم پس از قطع تغذیه به شدت ضعیف شد، حتی زمانی که شکارگرها بلافاصله در دمای 20- درجه سلسیوس منجمد شده بودند. با این حال، مقدار هدف ردیابی شده، ارتباط معنی داری با تعداد تخم های مصرف کرده و زمان سپری شده از تغذیه دارد. کاهش DNA ردیابی شده ی شکار، با یک مدل نمایی منفی سازگار بود. توالی DNA هدف از شکارگرهای گرسنگی دیده ناپدید شد (نیمه عمر کمی برآورد شده 59 دقیقه) که خیلی آهسته تر از آن هایی بود که از شته های سیب زمینی، پس از تغذیه از تخم های شکار مورد نظر تغذیه کرده بودند (برآورد نیمه عمر 16 دقیقه)، در حالی که در آن هایی که از تخم های C. maculate به عنوان یک chaser استفاده کرده بودند، نرخ تخریب توالی DNA شکار مورد نظر در حد متوسط بود. پروتکل های تثبیت کننده از اهمیت ویژه ای در استفاده مناسب از روش qPCR برخوردارند. در میان هفت روش آزمایش شده، ذخیره سازی شکارگر بلافاصله در اتانول 70٪ سرد شده تا 20- درجه سلسیوس، بیشترین میزان توالی هدف را ارائه کرد، که 8/22% از آن به طور مستقیم از یک تخم دست نخورده ی شکار بازیافت شده بود. محصول نمونه های منجمد شده ی بدون حلال در دمای 80- و 20- درجه سلسیوس، به ترتیب تنها 6% و 3/2% DNA هدف بود و در ضدفریز مبتنی بر اتانول و اتیلن گلیکول در دمای اتاق، کمتر از 1% از DNA شکار را بازیابی کرد. با این وجود، طعمه مورد نظر در بیش از 80% از شکارگرهای ذخیره شده ی ضدفریز ردیابی شد. شکارگرهای کشته شده و نگهداری شده در دمای اتاق به مدت 4 ساعت یا 5 روز، هیچ DNA شکار مورد نظری را در 18 مورد از 20 مورد تولید نکردند. ای نتایج ارزش و پیچیدگی کاربرد تکنیک qPCR را در پژوهش های شکارگری مزرعه ای نشان می دهد.
Abstract
Using quantitative PCR that amplified a prey-specific mtDNA 214 bp amplicon from the COI mitochondrial gene of the Colorado potato beetle, Leptinotarsa decemlineata (Say) (Coleoptera: Chrysomelidae), prey eggs of known age and number were fed to larvae of the generalist predator lady beetle Coleomegilla maculata (De Geer) (Coleoptera: Coccinellidae), to elucidate the effects of time and diet since consumption, number of prey eggs, and methods for sample fixation and preservation, on the quantity of target DNA detected . Signal was strongly attenuated directly after cessation of feeding, even when predators were immediately frozen at −20°C. However, the quantity of target detected was significantly related to the number of eggs consumed and the time elapsed time since eating. Decrease in detected prey DNA was consistent with a negative exponential model. The target DNA sequence disappeared from starved predators (quantitative half-life estimate of 59 min) more slowly than those fed potato aphids after consuming the target prey eggs (half-life estimate 16 min), whereas those fed C. maculata eggs as a chaser were intermediate in the rate at which they degraded the target prey DNA sequence. Fixative protocols are of critical importance in proper use of the qPCR technique. Among seven methods tested, storing the predator immediately in 70% ethanol prechilled to 20°C yielded the highest amount of target sequence, 22.8% of that recovered directly from a single intact prey egg. Samples frozen without solvent at −80°C and −20°C yielded only 6.0% and 2.3% of the target DNA respectively, and room temperature ethanol and ethylene glycol-based antifreeze averaged below 1% recovery of target DNA. Nevertheless, target prey was detected in more than 80% of antifreeze-stored predators. Predators killed and held at room temperature for 4 h or 5 days yielded no target prey DNA in 18 of 20 cases. These results emphasize both the value and the complexities of application of the qPCR technique to field predation studies.
چکیده
مقدمه
مواد و روش ها
شکار
شکارگرها
پروتکل عمومی تغذیه
اثر ذخیره سازی نمونه
پروتکل تغذیه ای: مقدار و سن تخم شکار
پروتکل تغذیه ای: اثر زمان شروع تغذیه و رژیم غذایی دنبال کرده
استخراج DNA
تکثیر DNA و سنجش کمی
تجزیه و تحلیل داده ها
نتایج
اثر تعداد تخم بر مقدار توالی هدف
اثر تثبیت کننده در قابلیت تشخیص توالی هدف، مقدار و DNA کل
تاثیر رژیم دنبال کرده و زمان شروع تغذیه بر مقدار توالی DNA هدف
بحث
Abstract
Introduction
Materials and Methods
Results
Discussion
Notes
Acknowledgments
References
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت ورد (word) با قابلیت ویرایش، بدون آرم سایت ای ترجمه
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت pdf، بدون آرم سایت ای ترجمه