تنوع ژنتیکی Pyricularia grisea، عامل ایجاد بلاست برنج توسط SRR
چکیده
Pyricularia grisea، قارچ بلاست برنج، تهدید اصلی آسیب به برنج در ایران و در سراسر جهان است. در اين تحقيق، تنوع ژنتيکي P. grisea جمع آوري شده از مزارع مختلف استان گيلان با استفاده از 14 آغازگر ريزماهواره مورد ارزيابي قرار گرفت. این پرایمرها 64 باند پلی مورفیکی، با میانگین 57/4 باند برای هر نشانگر تولید می کنند. میانگین محتوای اطلاعات پلی مورفیک در تمام پرایمرها 734/0 بود، میانگین تعداد آلل ها 68/2، میانگین هتروزيگوسيتي نی 7334/0 و میانگین شاخص اطلاعات شانون 05/1 بود. آغازگر SSR43،44 داراي بيشترين اطلاعات پلي مورفيک (PIC = 0.85)، تعداد آلل مشاهده شده (n = 8)، تعداد موثر آلل ها (ne = 3.76)، هتروزيگوسيتي مورد انتظار نی (Ne = 0.861)، شاخص اطلاعات شانون (I = 1.38) بود. این نشانگر بهترین آغازگر بین 14 آغازگر مورد استفاده در ارزیابی تنوع ژنتیکی P. grisea بود. تجزیه و تحلیل خوشه ای با استفاده از ماتریس شباهت تطابق ساده و UPGMA انجام شد. نتايج نشان داد که جدايه هاي مطالعه شده از طريق برش دندروگرام در سطح پیوند مشابه 76/0، در 3 دسته طبقه بندي شدند. شماره 1 گروه اصلی و نشان-دهنده ی بیشتر این جدایه ها بود. نتایج تجزیه و تحلیل مختصات اصلی نیز جداسازی ها را به سه گروه تقسیم می-کنند که دقیقا مشابه با تجزیه خوشه ای است. به طور كلي، نتايج ما نشان داد كه آغازگرهای ريزماهواره به عنوان نشانگرهاي خوب و مناسب براي تجزيه و تحليل ساختار P. grisea هستند.
مقدمه
بیماری بلاست برنج ناشی از پاتوژن Pyricularia grisea یکی از مهم ترین بیماری های برنج است که در طول چرخه زندگی برنج از خزانه تا به مزرعه به آن حمله می کند (Ou 1985). بیماری بلاست به عنوان مهم ترین بیماری برنج در کشورهای برنج خیز اط جمله ایران محسوب می شود. بنابراین، برای کنترل آن، تحقیقات زیادی انجام شده است (Khodaparast and Sahragard 2004). نشانگرهای DNA نشان دهنده تغییرات DNA هستند. این نشانگرها به دلیل تعداد نامحدودشان و همچنین عدم تاثیرپذیری از عوامل محیطی و مهم تر از همه به دلیل تشخیص و شناسایی آن ها در طول فرآیندهی رشد گیاه مورد استفاده قرار گرفتند [Winter and Khal 1995]. این نشانگرها توانایی زیادی برای افزایش کارآیی روش های اصلاح شده، از طریق انتخاب بر اساس نشانگرهای مولکولی مطابق با ویژگی های مورد علاقه دارند و به طور مستقیم با انتخاب ویژگی ارتباط ندارند، بلکه مکان نشانگر مورد استفاده باید با ویژگی های مرتبط همگام باشد. با استفاده از تکنیک های نشانگرهای مولکولی، نقشه خوانی و انتقال ژن ها یا ژن های مناسب از گونه های وحشی به گونه های مزرعه ای امکان پذیر است (Mohan et al. 1997).
Abstract
Pyricularia grisea, the rice blast fungus is the main pathological threats to rice crop in Iran and worldwide. In this research was evaluated the genetic diversity of P. grisea collected from different fields of Guilan province by using of 14 microsatellite primers. These primers produced 64 polymorphic bands by an average of 4.57 bands for each marker. An average of polymorphic information content in whole primers was 0.734, an average of effective number of alleles was 2.68, an average of Nei’s expected heterozygosity was 0.734 and an average of Shannon’s information index was 1.05. Primer SSR43,44 had the most polymorphic information content (PIC = 0.85), observed number of alleles (na = 8), effective number of alleles (ne = 3.76), Nei’s expected heterozygosity (Ne = 0.861) and Shannon’s information index (I = 1.38). This marker was the best primer between 14 used primers for evaluation the genetic diversity of P. grisea. Cluster analysis was done with simple matching similarity matrix and UPGMA method. The results showed that the studied isolates were classified into 3 lineages by cutting off the dendrogram at 0.76 similar linkage level. Number 1 was the major group and represented most of those isolates. Results of principal coordinate analysis also divided the isolates into three groups exactly similar to obtained with cluster analysis. Overall, our results confirmed that microsatellite primers were good and suitable markers for analyzing structure of P. grisea.
INTRODUCTION
Rice blast disease caused by Pyricularia grisea pathogen is one of the most important rice diseases which attack the rice throughout its life cycle from the nursery to the farm [Ou 1985]. Blast disease is known as the most important rice disease in prone rice countries including Iran. So, a myriad of researches were done to control it [Khodaparast and Sahragard 2004]. DNA markers showed the changes of DNA. These markers were used because of being unlimited in numbers, not being affected by environmental factors and above all their detection and identification throughout their plant growth processes [Winter and Khal 1995]. These markers had great potential for increasing the efficiency of usually modified methods by choosing according to the molecular markers in concordance with favorite features and not directly related to choosing of the feature but the locus of the used marker should be in high concordance with the related feature. By using the molecular markers techniques, it was possible to map and transfer the genes or the appropriate genes from the wild species to the farm-related ones [Mohan et al. 1997].
چکیده
مقدمه
مواد و روش ها
جمع آوری و کشت جدایه های قارچی
بررسی و شناسایی جدایه های قارچی
تجزیه و تحلیل مولکولی. استخراج DNA
رقیق سازی DNA ژنومی استخراج شده
تکثیر PCR آلل ها در لوکوس SSR
تجزیه و تحلیل داده ها
نتایج و بحث
نتیجه گیری
Abstract
INTRODUCTION
MATERIALS AND METHODS
RESULTS AND DISCUSSION
CONCLUSIONS
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت ورد (word) با قابلیت ویرایش، بدون آرم سایت ای ترجمه
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت pdf، بدون آرم سایت ای ترجمه