پروتکل بهینه سازی شده برای استخراج پروتئین از بافت پستان
چکیده
پروتئومیکس یک روش بسیار آموزنده برای آنالیز تغییرات مرتبط با سرطان در بافت ها است. چالش اصلی در این تکنیک برای استفاده از بافت در مطالعات پروتئومیکس، اندازه ی کوچک نمونه و مشکلات استخراج و حفظ پروتئین ها است. انتخاب بافر سازگار با برنامه های عملکردی پروتئومیکس نیز یک چالش است. در این مقاله ما پروتکل بهینه سازی شده ای را برای کارآمدترین استخراج پروتئین از بافت پستان انسان در یک بافر سازگار با ژل الکتروفورز دو بعدی (2D-GE) توصیف می کنیم. این پروتکل بر اساس تجزیه ی مکانیکی مستقیم بافت ها در بافر 2D-GE است. این روش برای اجرا در امور بالینی، ساده، قوی و آسان است. ما کیفیت بالای جداسازی پروتئین هایی که بر اساس پروتکل گزارش شده در این مقاله آماده شده بودند را نشان می دهیم.
مقدمه
پروتئین ها اجزای اصلی ارگانیسم ها هستند. آنها بسیاری از عملکردهای مختلف مهم مربوط به تکثیر ، تمایز و مرگ سلولی را کنترل می کنند. تغییر در بیان و ساختار پروتئین بر عملکردهای پروتئین تاثیر می گذارد. تعدادی از گزارش ها نشان داده اند که حتی تغییرات کوچک در عملکردهای پروتئین ممکن است منجر به پیشرفت بیماری شود. نقش نهایی پروتئین ها در تومورزایی نیز گزارش شده است (3). پروتئین ها اهداف اصلی داروهای ضد سرطانی و منبع مارکرهای سرطانی هستند.
بافت منبع کاملی برای نظارت بر تغییرات پروتئین هایی است که با سرطان زایی ارتباط دارند. با این حال، در استفاده از بافت ها برای تجزیه و تحلیل پروتئوم، مشکلات زیادی وجود دارد. اولین مشکل این است که بافت پستان بافت همگنی نیست؛ بلکه شامل تعدادی از سلول های مختلف و ماتریکس خارج سلولی مانند سلول های استرومایی و خونی، سلول چربی، کلاژن و غیره است. دومین مشکل این است که عناصر غیر پروتئینی در بافت وجود دارد. در مورد بافت پستان، مقدار بالای لیپیدها ممکن است تاثیر مهمی بر روی استخراج و جداسازی پروتئین داشته باشد.
Abstract
Proteomics is a highly informative approach to analyze cancer-associated transformation in tissues. The main challenge to use a tissue for proteomics studies is the small sample size and difficulties to extract and preserve proteins. The choice of a buffer compatible with proteomics applications is also a challenge. Here we describe a protocol optimized for the most efficient extraction of proteins from the human breast tissue in a buffer compatible with two-dimensional gel electrophoresis (2D-GE). This protocol is based on mechanically assisted disintegration of tissues directly in the 2D-GE buffer. Our method is simple, robust and easy to apply in clinical practice. We demonstrate high quality of separation of proteins prepared according to the reported here protocol.
Introduction
Proteins are main components of the organisms. They control many different and important functions related to the cell proliferation, differentiation and death. Changes in the protein expression and structure affect protein’s functions.1 A number of reports have shown that even small changes in protein functions may lead to a disease development.2 The ultimate role of proteins in tumorigenesis has also been reported.3 Proteins are primary targets of anti-cancer drugs and the source of cancer markers.4
Tissue is a perfect source for monitoring changes and modifications of proteins that are related to carcinogenesis. However, there are pitfalls in using tissues for proteome analysis. For the first, the breast tissue is not a homogenous substance, but consists of a number of various cells and extracellular matrix, such as stromal and blood cells, adipocytes, collagen, etc. For the second, non-protein elements are present in tissues. In the case of the breast tissue, the high content of lipids may have a strong impact on protein extraction and separation.
چکیده
مقدمه
مواد و روش ها
نمونه های مورد مطالعه
اجزای سازنده بافرها
اندازه گیری غلظت پروتئین
ژل الکتروفورز دو بعدی
نتایج و بحث
نتیجه گیری
Abstract
Introduction
Materials and Methods
Studied samples
Composition of buffers
Protein concentration measurement
Two-dimensional gel electrophoresis
Results and Discussion
Conclusion
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت ورد (word) با قابلیت ویرایش، بدون آرم سایت ای ترجمه
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت pdf، بدون آرم سایت ای ترجمه