سیستم های بارانداز یک سرور وب برای تحلیل مبتنی بر داروشناسی شبکه
چکیده
در حال حاضر، سیستم های بارانداز یک وب سرور برای پیش بینی و تجزیه و تحلیل مبتنی بر داروشناسی شبکه می باشد که اجازه ی شبیه سازیِ اتصال و ترسیم مسیر مولکولی را برای مشخصه ای جامع از انتخاب لیگاند و تفسیر عملکرد لیگاند بر یک شبکه مولکولی پیچیده می دهد. این، یک تابع امتیازدهی که به خوبی طراحی شده است را، برای پیوند مولکولی برای ارزیابی پتانسیل اتصال پروتئین لیگاند در نظر می گیرد. برای آزمایش در مقیاس بزرگ و سهولت بررسی، سیستم های بارانداز یک رابط کاربری ساده ی GUI دارند، برای آماده سازی مولکول، تعیین کردن پارامتر و بازرسی نتایج. پتانسیل اتصال دهنده لیگاند در برابر پروتئین های فردی می تواند به طور مستقیم بر روی یک نقشه متقابل مولکولی آپلود شده، نمایش داده شود و به کاربران اجازه دهد تا به طور سیستماتیک اثر وابسته به شبکه ی یک نامزد مواد دارویی یا دارو را بررسی کنند. یک مطالعه موردی برای نشان دادن چگونگی استفاده از سیستم بارانداز برای کشف یک فعالیت چند هدفه ی آزمایشی، مورد استفاده قرار گرفته است. سیستم بارانداز به صورت رایگان در سایت http://systemsdock.unit.oist.jp/ در دسترس می باشد.
مقدمه
مواد دارویی ممکن است با مولکول های چندگانه در بدن انسان ارتباط برقرار کنند و فعالیت این چنین داروهایی، که با عنوان polypharmacology شناخته شده اند، ممکن است برای درمان بیماری مفید یا زیان آور باشد. به عنوان مثال، β-lactams اثرات ضد باکتری را عمدتا با هدف قرار دادن پروتئین های دارای چندین پیوند پنی سیلینی، نشان می دهد (1). به همین ترتیب استراتژیی چند هدفه پیشرفت درمان بیماری های عصب مغزی را بهبود بخشیده است (2). از سوی دیگر، انتخاب ضعیف دارو می تواند خطرات درمانی را افزایش داده و منجر به تاثیر منفی بر پیشرفت دارو به علت تعاملات ناخواسته ی دارویی شود. یک مثال از این، مسمومیت قلبی مولکول بازدارنده ی کیناز می باشد (3). بنابراین شناسایی اهداف دارویی، مرحله حیاتی توسعه دارو می باشد (4،5).
ABSTRACT
We present systemsDock, a web server for network pharmacology-based prediction and analysis, which permits docking simulation and molecular pathway map for comprehensive characterization of ligand selectivity and interpretation of ligand action on a complex molecular network. It incorporates an elaborately designed scoring function for molecular docking to assess protein–ligand binding potential. For large-scale screening and ease of investigation, systemsDock has a user-friendly GUI interface for molecule preparation, parameter specification and result inspection. Ligand binding potentials against individual proteins can be directly displayed on an uploaded molecular interaction map, allowing users to systemically investigate networkdependent effects of a drug or drug candidate. A case study is given to demonstrate how systemsDock can be used to discover a test compound’s multi-target activity. systemsDock is freely accessible at http://systemsdock.unit.oist.jp/.
INTRODUCTION
Drugs may interact with multiple molecules in the human body, and such drug action, known as polypharmacology, may be efficacious or deleterious for the treatment of disease. For example, -lactams exhibit antibacterial action principally by targeting multiple penicillin-binding proteins (1). Similarly, a multi-target strategy has advanced the treatment of neurodegenerative diseases (2). On the other hand, poor drug selectivity may increase therapeutic risks and negatively impact drug development because of unintended drug-target interactions. An example of this is the cardiotoxicity of kinase inhibitor Sunitinib (3). Identification of drug targets is therefore a critical stage of drug development (4,5).
چکیده
مقدمه
روش سیستم های بارانداز و سطح مشترک
آماده سازی مولکول
شبیه سازی پیوند و عملکرد آن
خروجی و ملاحظه نتایج
کاربرد و مورد پژوهشی
نتیجه گیری و چشم انداز
منابع
ABSTRACT
INTRODUCTION
THE systemsDock METHOD AND INTERFACE
Molecule preparation
Docking simulation and performance
Result output and inspection
APPLICATION AND CASE STUDY
CONCLUSION AND OUTLOOK
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت ورد (word) با قابلیت ویرایش، بدون آرم سایت ای ترجمه
- ترجمه فارسی مقاله با فرمت pdf، بدون آرم سایت ای ترجمه