کامپیوتر ها و بیماری های ویروسی. مطالعات اولیه بیوانفورماتیک درباره طراحی واکسن ترکیبی
ترجمه نشده

کامپیوتر ها و بیماری های ویروسی. مطالعات اولیه بیوانفورماتیک درباره طراحی واکسن ترکیبی

عنوان فارسی مقاله: کامپیوتر ها و بیماری های ویروسی. مطالعات اولیه بیوانفورماتیک درباره طراحی واکسن ترکیبی و هماورد پپتید تقلیدی بازدارنده در برابر SARS-CoV-2 و کرونا ویروس (۲۰۱۹-nCoV, COVID-19)
عنوان انگلیسی مقاله: Computers and viral diseases. Preliminary bioinformatics studies on the design of a synthetic vaccine and a preventative peptidomimetic antagonist against the SARSCoV-2 (2019-nCoV, COVID-19) coronavirus
مجله/کنفرانس: کامپیوترها در زیست شناسی و پزشکی – Computers in Biology and Medicine
رشته های تحصیلی مرتبط: پزشکی، زیست شناسی، داروسازی
گرایش های تحصیلی مرتبط: ویروس شناسی پزشکی، پزشکی داخلی، اپیدمیولوژی، بیماری های عفونی و گرمسیری، داروسازی بالینی، بیوانفورماتیک
کلمات کلیدی فارسی: کرونا ویروس ۲۰۱۹-nCoV، کرونا ویروس بازار غذای دریایی ووهان، بیوانفورماتیک، واکسن ترکیبی، پپتیدهای تقلیدی، Retroinverso، زبان Q-UEL، مرورگر اتوماتیک
کلمات کلیدی انگلیسی: ۲۰۱۹-nCoV cornonavirus; Wuhan Seafood Market Coronavirus; Bionformatics; Synthetic Vaccine; Peptidomimetic; Retroinverso; Q-UEL language; automatic browser
نوع نگارش مقاله: مقاله پژوهشی (Research Article)
شناسه دیجیتال (DOI): https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2020.103670
دانشگاه: The Dirac Foundation, Oxfordshire, UK
صفحات مقاله انگلیسی: 49
ناشر: الزویر - Elsevier
نوع ارائه مقاله: ژورنال
نوع مقاله: ISI
سال انتشار مقاله: 2020
ایمپکت فاکتور: 2.828 در سال 2019
شاخص H_index: 75 در سال 2020
شاخص SJR: 0.570 در سال 2019
شناسه ISSN: 0010-4825
شاخص Quartile (چارک): Q2 در سال 2019
فرمت مقاله انگلیسی: PDF
وضعیت ترجمه: ترجمه نشده است
قیمت مقاله انگلیسی: رایگان
آیا این مقاله بیس است: خیر
آیا این مقاله مدل مفهومی دارد: ندارد
آیا این مقاله پرسشنامه دارد: ندارد
آیا این مقاله متغیر دارد: ندارد
کد محصول: E14553
رفرنس: دارای رفرنس در داخل متن و انتهای مقاله
فهرست مطالب (انگلیسی)

Abstract

1- Introduction and brief review of coronaviruses and uses of synthetic peptides

2- Theory

3- Methods

4- Results

5- Discussion and conclusions

Declaration of competing interest

References

بخشی از مقاله (انگلیسی)

Abstract

This paper concerns study of the genome of the Wuhan Seafood Market isolate believed to represent the causative agent of the disease COVID-19. This is to find a short section or sections of viral protein sequence suitable for preliminary design proposal for a peptide synthetic vaccine and a peptidomimetic therapeutic, and to explore some design possibilities. The project was originally directed towards a use case for the Q-UEL language and its implementation in a knowledge management and automated inference system for medicine called the BioIngine, but focus here remains mostly on the virus itself. However, using Q-UEL systems to access relevant and emerging literature, and to interact with standard publically available bioinformatics tools on the Internet, did help quickly identify sequences of amino acids that are well conserved across many coronaviruses including 2019-nCoV. KRSFIEDLLFNKV was found to be particularly well conserved in this study and corresponds to the region around one of the known cleavage sites of the SARS virus that are believed to be required for virus activation for cell entry. This sequence motif and surrounding variations formed the basis for proposing a specific synthetic vaccine epitope and peptidomimetic agent. The work can, nonetheless, be described in traditional bioinformatics terms, and readily reproduced by others, albeit with the caveat that new data and research into 2019-nCoV is emerging and evolving at an explosive pace. Preliminary studies using molecular modeling and docking, and in that context the potential value of certain known herbal extracts, are also described.

Introduction and Brief Review of Coronaviruses and Uses of Synthetic Peptides.

Coronaviruses are viruses of both medical and veterinary importance [1]. They include transmissible gastroenteritis virus (TGEV), porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), and the human coronaviruses severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) responsible for the epidemic in 2003, and Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV). In the past ten years, many new coronaviruses have been identified. They infect a wide range of hosts from mammals to birds and closely related coronaviruses have been identified in distantly related animals suggesting recent interspecies jumps [1]. Like influenza viruses that have similar epidemic properties, they are single stranded RNA viruses with a lipoprotein envelope, and enter the host cells by a Class I fusion protein, i.e. one that does not require any other viral surface proteins for fusion. Viral fusion proteins are potential therapeutic and vaccine targets, and the above is indicative of the possibility that the kind of considerations discussed in the present paper can be extended to broader range of viruses.